传染病监测系统在国家已建立较成熟的传染病疫情网络直报的基础上，充分利用已有数据源，着重加强对其分析利用，强化国家系统所缺乏的功能。该功能提供给用户查看病例、预警百分位数、控制图等发病趋势分析图。

免疫规划管理系统，儿童预防接种信息管理系统，慢病发病网报系统， 环境卫生监测系统，食品安全监测系统，从业人员管理系统，职业病防治管理系统，职业健康监护信息管理系统，职业病诊断与鉴定档案管理系统，职业健康检查web自助查询系统，消毒与媒介监测系统，健康教育信息系统，卫生检验检测系统，应急管理系统，报表系统各个系统密切联系，互相牵制。